Kinerja opat tés amplifikasi asam nukléat pikeun ngaidentipikasi SARS-CoV-2 di Étiopia

Hatur nuhun pikeun ngadatangan Nature.com. Anjeun nganggo versi browser kalayan dukungan CSS kawates. Pikeun pangalaman anu pangsaéna, kami nyarankeun yén anjeun nganggo browser anu diropéa (atanapi nganonaktipkeun Mode Kasaluyuan dina Internet Explorer). Sajaba ti éta, pikeun mastikeun rojongan lumangsung, urang némbongkeun situs tanpa gaya na JavaScript.
Nampilkeun carousel tilu slide sakaligus. Pake tombol Saméméhna jeung Salajengna pikeun mindahkeun ngaliwatan tilu slides dina hiji waktu, atawa make tombol geseran di ahir pikeun mindahkeun ngaliwatan tilu slides dina hiji waktu.
Kusabab wabah panyakit koronavirus 2019 (COVID-19), seueur tés amplifikasi asam nukléat komérsial (NAATs) parantos dikembangkeun di sakumna dunya sareng parantos janten tés standar. Sanaos sababaraha tés gancang dikembangkeun sareng dilarapkeun kana tés diagnostik laboratorium, kinerja tés ieu henteu acan dievaluasi dina sababaraha setélan. Ku alatan éta, ulikan ieu boga tujuan pikeun meunteun kinerja Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, sarta Sansure Biotéh assays ngagunakeun Composite Reference Standard (CRS). Panaliti ieu dilakukeun di Institut Kaséhatan Umum Étiopia (EPHI) ti 1 dugi ka 30 Désémber 2020. 164 conto nasopharyngeal diekstrak nganggo kit mini QIAamp RNA sareng sistem persiapan sampel DNA Abbott. Tina 164 spésimén, 59,1% positip sareng 40,9% négatip pikeun CRS. Positipitas Sansure Biotéh sacara signifikan rendah dibandingkeun CRS (p <0.05). Positipitas Sansure Biotéh sacara signifikan rendah dibandingkeun CRS (p <0.05). Положительные результаты Sansure Biotéh были значительно ниже tina сравнению dina CRS (p < 0,05). Hasil positip Sansure Biotech sacara signifikan langkung handap dibandingkeun CRS (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов tina сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotéh ngagaduhan hasil anu langkung sakedik dibandingkeun sareng CRS (p <0.05).Kasapukan sakabéh opat nganalisa éta 96.3-100% dibandingkeun CRS. Salian tingkat positipitas rendah tina assay Sansure Biotech, kinerja opat tés éta ampir sabanding. Sapertos kitu, assay Sansure Biotech [Research Only (RUO)] peryogi validasi tambahan pikeun dianggo di Étiopia. Tungtungna, panilitian tambahan kedah dipertimbangkeun pikeun ngevaluasi tes sareng klaim produsén anu cocog.
Uji laboratorium mangrupikeun bagian tina Rencana Strategis Organisasi Kaséhatan Dunia (WHO) pikeun Panyakit Coronavirus 2019 (COVID-19) Kesiapan sareng Tanggapan (SPRP). WHO mamatahan yén nagara-nagara kedah ngawangun kapasitas laboratorium pikeun ningkatkeun kasiapan, manajemén kasus anu leres, waspada sareng réspon gancang kana tantangan kaséhatan masarakat. Ieu nunjukkeun yén peran laboratorium mangrupikeun konci pikeun ciri panyakit sareng epidemiologi agén inféksi anu muncul sareng ngontrol panyebaranna.
Diagnosis COVID-19 merlukeun inpormasi epidemiologis sareng médis, gejala/tanda pribadi, sareng data radiografi sareng laboratorium2. Kusabab wabah COVID-19 dilaporkeun di Wuhan, Cina, seueur tés amplifikasi asam nukléat komérsial (NAATs) parantos dikembangkeun di sakumna dunya. Réaksi ranté polimérase transkripsi ngabalikkeun waktos nyata (rRT-PCR) parantos dianggo salaku padika rutin sareng standar pikeun diagnosis laboratorium inféksi sindrom pernapasan akut parah 2 (SARS-CoV-2)3. Deteksi molekular SARS-CoV-2 biasana dumasar kana gén N (nucleocapsid protein), E (gén protéin amplop), sareng RdRp (gén RNA polimérase gumantung RNA) dina ORF1a/b (bingkai bacaan terbuka 1a/b) . gen) wilayah anu diidentifikasi tina génom virus. Aranjeunna dianggap wewengkon konservasi utama kapanggih dina génom virus pikeun pangakuan virus4. Di antara gén ieu, gén RdRp jeung E miboga sensitipitas deteksi analitik anu luhur, sedengkeun gén N miboga sensitipitas analitik anu handap5.
Kinerja tes PCR tiasa rupa-rupa gumantung kana sababaraha faktor sapertos: réagen ékstraksi, réagen amplifikasi / deteksi, metode ékstraksi, kualitas mesin PCR sareng instrumen sanésna. Nepi ka April 2020, langkung ti 48 alat diagnostik anu béda ti salapan nagara parantos nampi Otorisasi Pamakéan Darurat (EUA) pikeun diagnostik COVID-196. Di Étiopia, langkung ti 14 platform PCR sacara real-time dianggo pikeun deteksi PCR SARS-CoV-2 di 26 lembaga kaséhatan masarakat, kalebet ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 sareng Quant-studio7. Salaku tambahan, sababaraha alat uji PCR sayogi, sapertos uji Daan Gene, uji Abbott SARS-CoV-2, uji Sansure Biotech, sareng uji BGI SARS-CoV-2. Sanaos rRT-PCR sénsitip pisan, sababaraha pasien sareng COVID-19 ngalaporkeun hasil négatip palsu kusabab teu cekap salinan asam ribonukleat virus (RNA) dina conto kusabab pangumpulan, transportasi, neundeun sareng penanganan, sareng uji laboratorium anu teu leres. kaayaan jeung tindakan tanaga8. Salaku tambahan, conto atanapi kontrol mishandling, setélan ambang siklus (Ct), sareng réaktivitas silang sareng asam nukléat patogén sanés atanapi RNA SARS-CoV-2 anu henteu aktif / sésa tiasa ngakibatkeun hasil positip palsu dina tés rRT-PCR9. Ku kituna, jelas yén tés PCR memang bisa ngaidentipikasi operator tina fragmen gén, sabab maranéhna malah teu bisa ngabedakeun antara gén viral sabenerna aktif, jadi tés ngan bisa ngaidentipikasi operator teu pasien10. Kituna, hal anu penting pikeun meunteun kinerja diagnostik ngagunakeun métode baku dina setting urang. Sanaos seueur réagen NAAT sayogi di Institut Kaséhatan Umum Étiopia (EPHI) sareng di sakumna nagara, teu aya évaluasi komparatif ngeunaan éféktivitasna acan dilaporkeun. Ku alatan éta, ulikan ieu ditujukeun pikeun ngévaluasi kinerja komparatif kit anu sayogi komersil pikeun deteksi SARS-CoV-2 ku rRT-PCR nganggo spésimén klinis.
Jumlahna aya 164 pamilon anu disangka COVID-19 kalebet dina panilitian ieu. Mayoritas sampel ti puskesmas (118/164 = 72%), sedengkeun sésana 46 (28%) pamilon ti puseur non-perlakuan. Diantara pamilon anu henteu dirawat di pusat, 15 (9.1%) ngagaduhan kasus anu disangka klinis sareng 31 (18.9%) ngagaduhan kontak kasus anu dikonfirmasi. Salapan puluh tilu (56.7%) pamilon lalaki, sareng rata-rata (± SD) umur pamilon nyaéta 31.10 (± 11.82) taun.
Dina ulikan ieu, tingkat positip sareng négatip tina opat tés pikeun COVID-19 ditangtukeun. Ku kituna, tingkat positip tina Abbott SARS-CoV-2 assay, Daan Gene 2019-nCoV assay, SARS-CoV-2 BGI assay, sareng Sansure Biotech 2019-nCoV assay masing-masing 59.1%, 58.5%, 57.9% sareng 55.5%. . Skor standar rujukan komposit (CRS) positip sareng négatip nyaéta 97 (59,1%) sareng 67 (40,9%) masing-masing (Table 1). Dina ulikan ieu, definisi CRS dumasar kana aturan "sagala positip", dimana tina opat hasil tés, dua atanapi langkung hasil tés anu masihan hasil anu sami dianggap leres positip atanapi négatif.
Dina ulikan ieu, urang kapanggih perjangjian persentase négatip (NPA) tina 100% (95% CI 94.6-100) pikeun sakabéh nganalisa dibandingkeun CRS. Analisis Sansure Biotéhnologi nunjukkeun PPA minimal 93.8% (95% CI 87.2-97.1) sareng analisa Daan Gene 2019-nCoV ngagaduhan kasapukan sadayana 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Sabalikna, perjangjian umum antara uji SARS-CoV-2 BGI sareng uji Sansure Biotech 2019-nCoV masing-masing 98.8% sareng 96.3% (Tabel 2).
Koéfisién kappa Cohen pikeun kasapukan antara CRS sareng Abbott SARS-CoV-2 hasil assay sapinuhna konsisten (K = 1.00). Nya kitu, nilai kappa Cohen anu dideteksi ku Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, sareng Sansure Biotech 2019-nCoV ogé sapinuhna konsisten sareng CRS (K ≥ 0.925). Dina analisis komparatif ieu, uji chi-kuadrat (uji McNemar) nunjukkeun yén hasil uji Sansure Biotech 2019-nCoV béda sacara signifikan tina hasil CRS (p = 0.031) (Tabel 2).
Ditémbongkeun saperti dina Gbr.1 perséntase nilai Ct panghandapna (< 20 Ct) tina assay Abbott SARS-CoV-2 (kombinasi RdRp sareng gen N) nyaéta 87,6% sareng nilai Ct gen ORF1a/b tina uji Sansure Biotech 2019-nCoV nunjukkeun yén persentase rendah Nilai Ct (<20 Ct) nyaéta 50,3% sareng nilai Ct luhur (36–40 Ct) éta 3,2%. 1 perséntase nilai Ct panghandapna (< 20 Ct) tina assay Abbott SARS-CoV-2 (kombinasi RdRp sareng gen N) nyaéta 87,6% sareng nilai Ct gen ORF1a/b tina uji Sansure Biotech 2019-nCoV nunjukkeun yén persentase rendah Nilai Ct (<20 Ct) nyaéta 50,3% sareng nilai Ct luhur (36–40 Ct) éta 3,2%.Ditémbongkeun saperti dina Gbr.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, гена ORF ч 1 анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) sоставлял 50,3%, а высокое значение Ct (36 стал) %. 1, persentase analisa nilai Ct panghandapna (<20 Ct) Abbott SARS-CoV-2 (gen gabungan RdRp sareng N) nyaéta 87,6%, sareng nilai Ct analisis gen ORF1a/b tina Sansure Biotech 2019-nCoV nunjukkeun. yén persentase nilai Ct handap (< 20 Ct) accounted pikeun 50,3%, sarta nilai luhur Ct (36-40 Ct) accounted pikeun 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct.8）一 9 Ct.V 6%检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的.百分水. Sapertos dina Gambar 1, persentase nilai Ct panghandapna (<20 Ct) tina uji Abbott SARS-CoV-2 (kombinasi gen RdRp sareng N) nyaéta 87,6%, nilai Ct gen ORF1a/b tina uji Sansure Biotech 2019-nCoV. némbongkeun low Ct (< 20 Ct) 的 persentase nyaeta 50,3%, 高Ct值(36–40 Ct) 的 persentase nyaéta 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное зна (<eние Ctное зна () 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Sakumaha anu dipidangkeun dina Gambar 1, uji Abbott SARS-CoV-2 (ngagabungkeun gén RdRp sareng N) ngagaduhan persentase nilai Ct panghandapna (<20 Ct) dina 87,6%, sedengkeun nilai Ct tina gén ORF1a/b dina Sansure. Studi Biotéh 2019 - Analisis nCoV nunjukkeun Ct rendah. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Persentase nilai (<20 Ct) nyaéta 50,3%, sareng persentase nilai Ct luhur (36–40 Ct) nyaéta 3,2%.Tes Abbott SARS-CoV-2 B nyatet nilai Ct di luhur 30. Di sisi séjén, dina BGI SARS-CoV-2 assay gén ORF1a / b miboga nilai Ct tinggi (> 36 Ct) persentase éta 4% (Gbr. 1). Di sisi séjén, dina BGI SARS-CoV-2 assay gén ORF1a / b miboga nilai Ct tinggi (> 36 Ct) persentase éta 4% (Gbr. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составл. 1%). Di sisi anu sanés, dina analisa gén BGI SARS-CoV-2 ORF1a/b ngagaduhan nilai Ct anu luhur (> 36 Ct), persentase anu 4% (Gbr. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图 Di sisi séjén, dina deteksi BGI SARS-CoV-2, persentase gén ORF1a/b kalayan nilai Ct luhur (>36 Ct) nyaéta 4% (Gambar 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (mis. 1). Di sisi séjén, dina analisis BGI SARS-CoV-2, persentase gén ORF1a/b kalayan nilai Ct luhur (>36 Ct) nyaéta 4% (Gbr. 1).
Dina ulikan ieu, urang nyandak 164 sampel nasopharyngeal. Pikeun sadaya jinis tes, isolasi sareng amplifikasi RNA dilakukeun nganggo metode sareng kit anu disarankeun ku produsén masing-masing.
Panaliti ieu nunjukkeun yén tés Abbott pikeun SARS-CoV-2 gaduh prestasi deteksi anu sami sareng CRS, kalayan konkordansi 100% positip, négatip, sareng sadayana. perjangjian kappa Cohen nyaeta 1,00, nunjukkeun perjangjian pinuh ku CRS. Panaliti anu sami ku Universitas Washington di AS mendakan yén sensitipitas sareng spésifisitas tés Abbott pikeun SARS-CoV-2 masing-masing nyaéta 93% sareng 100%, dibandingkeun sareng tés anu ditangtukeun laboratorium (LDA) CDC. . 11. Sistem deteksi Abbott SARS-CoV-2 dumasar kana deteksi gabungan simultaneous gén N jeung RdRp, sabab duanana gén leuwih sénsitip, ngaminimalkeun négatip palsu12. Hiji studi di Wina, Austria ogé némbongkeun yén volume sampel ékstraksi badag sarta volume eluent deteksi ngaminimalkeun éfék éncér jeung ngaronjat efisiensi deteksi13. Ku kituna, patandingan sampurna Abbott pikeun assay SARS-CoV-2 tiasa dikaitkeun sareng sistem deteksi platform anu sakaligus ngadeteksi gen kombinatorial, ékstrak sajumlah ageung conto (0,5 ml), sareng nganggo jumlah eluent anu ageung (40 µl).
Hasil kami ogé nunjukkeun yén kinerja deteksi tés genetik Daan ampir sami sareng CRS. Ieu konsisten sareng ulikan14 anu dilakukeun di Universitas Anhui di Huainan, Cina, sareng klaim produsén ngeunaan 100% perjangjian positif. Sanaos laporan hasil anu konsisten, hiji conto négatip palsu saatos nguji deui eluate anu sami, tapi positip dina Abbott SARS-CoV-2 sareng Sansure Biotech nCoV-2019 assays. Ieu nunjukkeun yén meureun aya variability dina hasil sakuliah tipena béda assays. Tapi, dina pangajaran anu dilaksanakeun di China15, hasil tina assay Daan Gene béda sacara signifikan (p <0.05) dibandingkeun sareng assay rujukan anu ditetepkeun laboratorium. Tapi, dina pangajaran anu dilaksanakeun di China15, hasil tina assay Daan Gene béda sacara signifikan (p <0.05) dibandingkeun sareng assay rujukan anu ditetepkeun laboratorium. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) троб эталонного анализа. Sanajan kitu, dina ulikan di China15, hasil analisis Daan Gene béda signifikan (p <0.05) ti analisis rujukan laboratorium maranéhanana.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p <0.05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测看是<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результати генетического теста Daan значительно отличались отличались (p < 0,005) < 0,0 эталонным лабораторным тестом. Sanajan kitu, dina ulikan di China15, hasil tés genetik Daan béda signifikan (p <0.05) dibandingkeun jeung tés laboratorium rujukan na.Beda ieu tiasa disababkeun ku sensitipitas tés rujukan pikeun ngadeteksi SARS-CoV-2, sareng panilitian salajengna tiasa penting pikeun nangtukeun panyababna.
Salaku tambahan, panilitian kami ngevaluasi kinerja komparatif tina assay SARS-CoV-2 BGI sareng CRS, nunjukkeun kasepakatan persentase positip anu saé (PPA = 97.9%), perjanjian persentase négatip (NPA = 100%), sareng perjanjian persentase sadayana dumasar kana gender ( OPA). ). = 98,8%). Nilai Kappa Cohen nunjukkeun kasapukan anu saé (K = 0.975). Studi di Walanda16 sareng Cina15 parantos nunjukkeun hasil anu konsisten. Tes SARS-CoV-2 BGI nyaéta tés deteksi gen tunggal (ORF1a/b) ngagunakeun eluate amplifikasi/deteksi 10 µl. Sanajan perjangjian statistik alus kalawan hasil rujukan urang, analisis lasut dua sampel positif (1.22%) tina total sampel. Ieu tiasa gaduh implikasi klinis anu ageung pikeun dinamika transmisi dina tingkat pasien sareng komunitas.
Analisis komparatif séjén anu kalebet dina ulikan ieu nyaéta uji Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); persentase cocok sakabéh éta 96,3%. Kakuatan perjangjian ogé ditangtukeun ku nilai Kappa Cohen, nyaéta 0.925, nunjukkeun perjangjian pinuh sareng CRS. Sakali deui, hasil urang sami sareng studi anu dilakukeun di Central South University di Changsha, China, sareng di Departemen Laboratorium Klinis Rumah Sakit Rakyat Liuzhou, Kota Liuzhou, China17. Sanaos konkordansi statistik anu saé di luhur kacatet, uji chi-kuadrat (uji MacNemar) nunjukkeun yén hasil uji Sansure Biotéh gaduh béda anu signifikan sacara statistik dibandingkeun sareng CRS (p <0.005). Sanaos konkordansi statistik anu saé di luhur kacatet, uji chi-kuadrat (uji MacNemar) nunjukkeun yén hasil uji Sansure Biotéh gaduh béda anu signifikan sacara statistik dibandingkeun sareng CRS (p <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий хи-квадрат) что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Sanajan pasatujuan statistik alus di luhur kacatet, uji chi-kuadrat (uji McNemar) némbongkeun yén hasil tina assay Sansure Biotéh boga béda anu signifikan sacara statistik dibandingkeun jeung CRS (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检浞的縎测相比具有统计学显着差异（p < 0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 中文相比 具有 显着 （（p <0.005）） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) покачиза разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotéh и CRS. Sanajan pasatujuan statistik alus nyatet luhur, tés chi-kuadrat (test McNemar) némbongkeun béda anu signifikan sacara statistik (p <0,005) antara assay Sansure Biotéh jeung CRS.Genep sampel (3.66%) kapanggih janten négatip palsu dibandingkeun CRS (Supplementary Table 1); ieu penting pisan, utamana tinangtu dina dinamika transmisi virus. Data di luhur ogé ngarojong laju deteksi low ieu15.
Dina ulikan ieu, nilai Ct ditangtukeun pikeun unggal assay sareng platform masing-masing, kalayan rata-rata nilai Ct panghandapna dilaporkeun dina assay Abbott SARS-CoV-2. Hasil ieu tiasa aya hubunganana sareng sistem tés genetik gabungan Abbott pikeun ngadeteksi SARS-CoV-2. Ku alatan éta, nurutkeun Gambar 1, 87,6% hasil Abbott SARS-CoV-2 miboga nilai Ct handap 20. Ngan sajumlah leutik hasil sampel (12,4%) aya dina rentang 20-30. Nilai Ct di luhur 30 teu kacatet. Salian ngagunakeun format tés genetik panel SARS-CoV-2 Abbott, hasil ieu tiasa aya hubunganana sareng wates deteksi handap (32.5 salinan RNA / mL) 18, anu tilu kali langkung handap tina wates handap perusahaan 100 salinan RNA. /mL. ml) 19.
Ulikan ieu mibanda sababaraha watesan: kahiji, urang teu boga standar / métode rujukan [sapertos viral load atawa tés laboratorium séjén (LDA)] alatan kurangna sumberdaya. Kadua, sakabéh spésimén dipaké dina ulikan ieu swabs nasopharyngeal, bari hasilna teu lumaku pikeun tipe spésimén séjén, sarta katilu, ukuran sampel urang leutik.
Panaliti ieu ngabandingkeun kinerja opat tés rRT-PCR pikeun SARS-CoV-2 nganggo conto nasopharyngeal. Kabéh assays deteksi miboga kinerja ampir comparable, iwal assay Sansure Biotech. Salian ti éta, tingkat positipitas rendah diidentifikasi dina assay Sansure Biotech dibandingkeun sareng CRS (p <0.05). Salian ti éta, tingkat positipitas rendah diidentifikasi dina assay Sansure Biotech dibandingkeun sareng CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов tina сравнению с CRS (p < 0,05). Salaku tambahan, tés Sansure Biotéh nunjukkeun persentase hasil positip anu handap dibandingkeun sareng CRS (p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов tina сравнению с CRS (p < 0,05). Salaku tambahan, assay Sansure Biotech ngagaduhan tingkat positip anu langkung handap dibandingkeun CRS (p <0.05).Analisis Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) ngeunaan PPA, NPA sareng perjangjian umum ngaleuwihan 93.5% kalayan kakuatan Cohen Kappa tina nilai perjanjian 0.925. Tungtungna, anu Sansure Biotech Assay (RUO) perlu validasi salajengna pikeun pamakéan di Étiopia, sarta panalungtikan tambahan kudu dianggap evaluate klaim ti pabrik individu.
Desain studi banding dilaksanakeun di opat fasilitas kaséhatan di Addis Ababa, Rumah Sakit Eka Kotebe, Millennium Church Treatment Center, Rumah Sakit Peringatan Zewooditu, sarta Rumah Sakit Spesialis Tuberkulosis St. Data dikumpulkeun antara 1 jeung 31 Désémber 2020. Fasilitas médis pikeun ulikan ieu dipilih dumasar kana jumlah kasus anu luhur sareng kasadiaan pusat perawatan utama di kota. Sarupa oge, instrumen, kaasup instrumen PCR ABI 7500 sareng Abbott m2000 sacara real-time, dipilih dumasar kana saran ti produsén réagen NAAT, sareng opat kit deteksi PCR dipilih pikeun ulikan ieu, sabab kalolobaan laboratorium di Étiopia ngagunakeun sahenteuna sahenteuna. opat di antarana. Tés gén, tés Abbott SARS-CoV-2, tés Sansure Biotéh, sareng tés BGI SARS-CoV-2 dilakukeun nalika diajar).
Uji coba pikeun SARS-CoV-2 dilaksanakeun ti 1 dugi ka 30 Désémber 2020 nganggo 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) ti individu anu ditalungtik pikeun COVID-19 anu disebut EPHI. Sampel nasopharyngeal dikumpulkeun ku kolektor sampel anu dilatih sareng dikirim ka EPHI dina bungkus triple. Saméméh isolasi asam nukléat, unggal sampel dibéré nomer idéntifikasi unik. Ekstraksi dipigawé ti unggal sampel langsung kana datangna ngagunakeun métode ékstraksi manual tur otomatis. Ku kituna, pikeun ékstraksi otomatis tina Abbott m2000, 1,3 ml (kaasup 0,8 ml volume maot na 0,5 ml ékstraksi volume inlet) sampel ieu sasari ti unggal sampel sarta dialirkeun Abbott DNA Sample Sistim Persiapan (Abbott Molecular Inc. des Plaines,). IL, AS). ) Angkatan 96 [92 conto, dua kontrol deteksi sareng dua kontrol non-témplat (NTC)] kalebet dina prosés sakabéh (pameunangan sareng deteksi) dua babak SARS-CoV-2 (EUA) sacara real waktos. pertambangan. Nya kitu, pikeun ékstraksi manual, make sampel sarua (pikeun ékstraksi otomatis tur kapanggihna). Ku kituna, sapanjang prosés, 140 µl sampel anu aliquoted tur sasari maké QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Jérman) dina bets 24 (kaasup 20 sampel, dua kadali assay sarta dua NTCs) leuwih salapan rounds. Luates anu diekstrak sacara manual diamplifikasi sareng dideteksi nganggo siklus termal ABI 7500 nganggo uji SARS-CoV-2 BGI, uji Daan Gene, sareng uji Sansure Biotech.
Isolasi otomatis sareng pemurnian RNA virus SARS-CoV-2 nuturkeun prinsip manik magnét nganggo réagen persiapan sampel DNA Abbott. Nonaktifkeun sampel sareng solubilisasi partikel virus dilaksanakeun nganggo deterjen anu ngandung guanidine isothiocyanate pikeun ngadenaturasi protéin sareng nganonaktipkeun RNase. RNA dipisahkeun tina protéin ku cara misahkeun fase padet maké silika, nyaéta uyah guanidinium jeung pH basa tina panyangga lisis ngamajukeun beungkeutan asam nukléat kana silika (SiO2). Léngkah bilas ngaleungitkeun sésa protéin sareng lebu pikeun ngahasilkeun solusi anu jelas. RNA transparan diisolasi tina mikropartikel dumasar silika ngagunakeun médan magnét alat20,21. Di sisi anu sanésna, isolasi manual sareng pemurnian RNA dilaksanakeun ku metode kolom spin nganggo centrifugation tinimbang nangtung magnét sareng pamisahan mikropartikel tina eluent.
The Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) dilaksanakeun nurutkeun parentah produsén, anu nampi EUA19,22 ti WHO sareng FDA. Dina protokol ieu, sampel inactivation saméméh ékstraksi ieu dipigawé dina cai mandi di 56 ° C salila 30 mnt. Saatos inactivation virus, ékstraksi asam nukléat dilaksanakeun dina instrumen Abbott m2000 SP tina 0,5 ml VTM ngagunakeun sistem persiapan sampel DNA Abbott m2000. nurutkeun produsén. Amplifikasi sareng deteksi dilaksanakeun nganggo alat Abbott m2000 RT-PCR, sareng deteksi ganda dilakukeun pikeun gén RdRp sareng N. ROX) sareng VIC P (pewarna proprietary) pikeun nargétkeun sareng ngadeteksi kadali internal, ngamungkinkeun deteksi simultaneous duanana produk amplifikasi 19 .
Metodeu deteksi amplifikasi kit ieu dumasar kana téknologi RT-PCR hiji-léngkah. Gén ORF1a/b sareng N dipilih salaku daérah anu dilestarikan ku Daan Gene Technology pikeun ngadeteksi amplifikasi daérah target. Primer khusus sareng panyilidikan fluoresensi (panyilidikan gen N dilabélan ku FAM, panyilidikan ORF1a/b dilabélan ku VIC) parantos dirarancang pikeun ngadeteksi RNA SARS-CoV-2 dina conto. Campuran eluen akhir sareng campuran master disusun ku cara nambihan 5 µl eluen kana 20 µl campuran induk kana volume akhir 25 µl. Amplifikasi sareng deteksi dilaksanakeun sakaligus dina alat PCR ABI 750024 sacara real-time.
Gén ORF1a/b sareng N dideteksi nganggo Kit Diagnostik Asam Nukléat Sansure Biotech nCoV-2019 (deteksi PCR fluoresensi). Nyiapkeun panyilidikan husus pikeun unggal gén sasaran ku cara milih saluran FAM pikeun wilayah ORF1a/b jeung saluran ROX pikeun gén N. Pikeun kit assay ieu, réagen eluent sareng master mix ditambah sapertos kieu: nyiapkeun 30 µl master mix réagen sareng 20 µl sampel élusi pikeun deteksi/amplifikasi. Real-time PCR ABI 750025 dipaké pikeun amplifikasi / deteksi.
Tes SARS-CoV-2 BGI mangrupikeun kit rRT-PCR fluoresensi real-time pikeun diagnosis COVID-19. Wewengkon target aya di daérah ORF1a/b tina génom SARS-CoV-2, anu mangrupikeun metode deteksi gen tunggal. Sajaba ti éta, gén housekeeping manusa β-aktin mangrupa gén target diatur internal. Campuran induk disiapkeun ku cara nyampur 20 µl réagen campuran master sareng 10 µl sampel RNA anu diekstrak dina piring sumur26. Alat PCR kuantitatif fluoresensi ABI 7500 sacara real-time digunakeun pikeun amplifikasi sareng deteksi. Sadaya amplifikasi asam nukléat, kaayaan ngajalankeun PCR pikeun unggal assay, sareng interpretasi hasil dilaksanakeun dumasar kana petunjuk produsén masing-masing (Tabel 3).
Dina analisis komparatif ieu, kami henteu nganggo metode standar rujukan pikeun nangtukeun persen kasapukan (positip, négatif, sareng sakabéh) sareng parameter ngabandingkeun séjén pikeun opat analisis. Unggal ngabandingkeun test ieu dipigawé kalawan CRS, dina ulikan ieu CRS diatur ku aturan "sagala positif" jeung hasilna ditangtukeun, teu ku test tunggal, kami dipaké sahenteuna dua hasil tés loyog. Salaku tambahan, dina kasus transmisi COVID-19, hasil négatip palsu langkung bahaya tibatan hasil positip palsu. Ku alatan éta, pikeun nyebutkeun "positip" sakumaha akurat-gancang tina hasil CRS, sahenteuna dua tés assay kudu positif, hartina sahanteuna hiji hasil positif kamungkinan datangna ti hiji assay EUA. Ku kituna, tina opat hasil tés, dua atawa leuwih hasil tés anu méré hasil anu sarua dianggap bener positif atawa négatif18,27.
Data dikumpulkeun ngagunakeun wangun ékstraksi data terstruktur, éntri data jeung analisis dipigawé ngagunakeun software statistik Excel jeung SPSS versi 23.0 pikeun statistik deskriptif. Positip, négatif, sareng perjangjian persén sadayana dianalisis, sareng skor kappa dianggo pikeun nangtukeun darajat kasapukan unggal metode sareng CRS. Nilai kappa diinterpretasi saperti kieu: 0.01-0.20 pikeun perjangjian hampang, 0.21-0.40 pikeun perjangjian umum, 0.41-0.60 kanggo perjangjian sedeng, 0.61-0.80 kanggo perjangjian utama sareng 0.81-0.99 kanggo perjangjian lengkep28.
Clearance etika dicandak ti Universitas Addis Ababa sareng sadaya protokol ékspérimén pikeun panilitian ieu disatujuan ku Badan Tinjauan Étika Ilmiah Institut Kaséhatan Umum Étiopia. Nomer rujukan pikeun Lisensi Etika EPHI nyaéta EPHI/IRB-279-2020. Sadaya metode diterapkeun saluyu sareng saran sareng katangtuan Pedoman Komprehensif Nasional Étiopia pikeun Perawatan COVID-19. Sajaba ti éta, idin informed ditulis dicandak ti sakabéh pamilon ulikan saméméh partisipasi dina pangajaran.
Sadaya data anu dicandak atanapi dianalisis dina ulikan ieu kalebet dina tulisan anu diterbitkeun ieu. Data anu ngadukung hasil panalungtikan ieu sayogi ti panulis masing-masing upami diperyogikeun.
Organisasi Kasihatan Dunya. Rekomendasi pikeun Strategi Uji Laboratorium pikeun COVID-19: Pitunjuk Interim, 21 Maret 2020 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 diagnosis pinter di Departemen Darurat: Sadaya-di Praktek. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 diagnosis pinter di Departemen Darurat: Sadaya-di Praktek.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. na Gurgulianis, KI Calakan diagnosis COVID-19 di departemen darurat: sagalana dina prakna.Muliou DS, Pantazopoulos I. sareng Gurgulyanis KI Diagnosis cerdas COVID-19 di departemén darurat: integrasi tungtung-ka-tungtung dina prakték. Ahli Reverend Respire. landong. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi COVID19 ID AYEUNA EUA assay. Mitchell, SL & St George, K. Evaluasi COVID19 ID AYEUNA EUA assay.Mitchell, SL jeung St George, K. Evaluasi COVID19 ID AYEUNA EUA assay.Mitchell SL jeung St. George K. Evaluasi COVID19 ID AYEUNA EUA assay. J. Klinis. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Deteksi laboratorium panyakit koronavirus 2019 (COVID-19) dina kasangka panyakit manusa. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (diaksés 15 Agustus 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis COVID-19: Panyakit sareng Alat Uji. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. dkk. Ngadegkeun College of Pathologists Wétan, Tengah sareng Afrika Kidul - Sakola Patologi Daerah Wétan Tengah sareng Afrika Kidul. Afrika. J. Lab. landong. 9(1), 1-8 (2020).
Institut Kaséhatan Umum Étiopia, Kamentrian Kaséhatan Federal. Strategi Nasional Interim sareng Pitunjuk pikeun Diagnosis Laboratorium COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (diaksés 12 Agustus 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Tés négatip palsu pikeun tantangan sareng implikasi inféksi SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Tés négatip palsu pikeun tantangan sareng implikasi inféksi SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. sareng Kesselheim AS Tés palsu-négatip pikeun inféksi SARS-CoV-2 sareng akibatna.Voloshin S., Patel N. sareng Kesselheim AS Tés palsu-négatip pikeun provokasi sareng dampak inféksi SARS-CoV-2. N. eng. J. Kedokteran. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus COVID-19 palsu-positip sareng palsu-négatip: Strategi pencegahan sareng manajemén pernapasan, vaksinasi, sareng sudut pandang salajengna. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus COVID-19 palsu-positip sareng palsu-négatip: Strategi pencegahan sareng manajemén pernapasan, vaksinasi, sareng sudut pandang salajengna. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии, лечиници дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kasus négatif palsu sareng négatip palsu tina COVID-19: strategi pencegahan sareng pengobatan engapan, vaksinasi sareng jalan ka hareup.Muliu, DS sareng Gurgulianis, KI Kasus palsu-positip sareng palsu-négatip COVID-19: strategi pikeun pencegahan sareng pengobatan engapan, vaksinasi sareng jalan ka hareup. Ahli Reverend Respire. landong. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di departemen darurat: Ningali tangkal tapi kaleungitan leuweung. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 di departemen darurat: Ningali tangkal tapi kaleungitan leuweung.Mouliou, DS, Ioannis, P. sarta Konstantinos, G. COVID-19 Diagnosis di Departemen Darurat: Ningali Tangkal, Leungit Leuweung.Muliou DS, Ioannis P., sarta Konstantinos G. Diagnosis COVID-19 di Kamar Darurat: Teu Cukup Leuweung pikeun Tatangkalan. Nembongan. landong. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validasi sareng Validasi Kinerja Analitik sareng Klinis Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay. J. Klinis. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Babandingan lima sét Primer ti wewengkon génom béda COVID-19 pikeun deteksi inféksi virus ku konvensional RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Babandingan lima sét Primer ti wewengkon génom béda COVID-19 pikeun deteksi inféksi virus ku konvensional RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. jeung Aflatunyan, B. Babandingan lima sét primers ti wewengkon béda tina génom COVID-19 pikeun deteksi inféksi viral ku konvensional RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Babandingan 5 wewengkon genetik béda COVID-19 pikeun deteksi inféksi viral ku konvensional RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. jeung Aflatunyan B. Babandingan lima sét primers ti wewengkon béda tina génom COVID-19 pikeun deteksi inféksi viral ku konvensional RT-PCR.Iran. J. Mikrobiologi. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Hasil awal program penilaian kualitas éksternal nasional pikeun deteksi sekuen génom SARS-CoV-2. J. Klinis. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Evaluasi analitik tina Efficacy of Lima RT-PCR Kit pikeun parna akut engapan Sindrom Coronavirus 2. J. klinis. laboratorium. dubur. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluasi tujuh kit deteksi RNA SARS-CoV-2 anu sayogi sacara komersil di China dumasar kana réaksi ranté polimérase (PCR) sacara real-time. klinis. Kimia. laboratorium. landong. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Perbandingan tujuh kit diagnostik RT-PCR COVID-19 komérsial. J. Klinis. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Ngabandingkeun kinerja diagnostik dua kit PCR pikeun deteksi asam nukléat SARS-CoV-2. J. Klinis. laboratorium. dubur. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, jsb Panaliti komparatif ngeunaan opat platform tés amplifikasi asam nukléat (NAAT) SARS-CoV-2 nunjukkeun yén kinerja ID AYEUNA sacara signifikan didegradasi gumantung kana pasien sareng jinis sampel. diagnosis. mikrobiologi. Inféksi. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molekul Abbott. Abbott sacara real-time sisipan pakét analisis SARS-CoV-2. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Kaping 10 Agustus 2020) (2020).
Klein, S. et al. Isolasi RNA SARS-CoV-2 nganggo manik magnét pikeun deteksi skala ageung ku RT-qPCR sareng RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).