N Pendekatan multi-omics pikeun ngetok tumor terpadu

N Pendekatan ngan-omics pikeun ngetok tumor terpiréntasi, bentang bentang sareng courcape countotal ngungkabkeun interaksi microbiom sareng sistem imun
Sanaos biomard pikeun kanker kanker utami parantos ditaliti sacara sacara éksténsivelition dina taun-taun ayeuna, tuawarsa kadindari ayeuna jarang-terusan. Paneliti ngagaduhan pelésahna kurangna asuransi antara réspon imun-betah Genikat-IDPIB, pratisi microbial, sareng strome mikroba dina atrus kanker Keusing sareng Kacapi kanker.

Sakumaha Panaliti anu parantos diambung, ciri-ciri iftikan keyue primusity, kalebet walungan kolxise, immas, anu paling terlasat terbatas sareng masalah klinis. Kasihatan Anu Ranik. Kasihkeun.
Lotak hubungan antara pajeulit fenotypic sareng hasil, tim peneliti ti Sidra Inlaal Indivisi Dina Qatar anu hadé. Timina ngalaksanakeun analisis gikar kompas free seger ti 348 pasien nganggo kanker stroustrisy utami, kalebet sekectress T-Rohor. Panaliti ieu diterbitkeun dina ubar alam sapertos "tumor terpadu, imun sareng atrobius atlas kanker.

Tulisan diterbitkeun dina ubar alam

Ac-Icam

Panaliti nganggo platform galeri orthogonal pikeun nganalisa sampel beku seger sareng anu cocog sareng jaringan kolon anu pikaresepeun sareng Tumor. Direum-normal Dumasar kana sekering anu luar biasa (wes), Ratan Kontrol Kontrol Duit RNA, sareng inpormasi interlineia anjeun nganggo Flitia Dandungan Ti 348 Passitip sareng turutan Wowla-4 taun. Tim Panaliti anu ngaranna sumberdaya Sidra-Lumb-Ic-Icam: peta sareng pituduh pikeun konsemen-kanker-kanker sareng interaksi 1).

Klasifikasi molekular nganggo ICR

Ngahasilkeun setina modular tina spésip genetik pikeun immunosurechechercise kontinyu, anu disebut konstan immin (ICR), tim panelitian, sareng kanker musuduh, sareng kanker 20 gu, sareng kanker 20-gén, sareng kanker muswan, sareng kanker muswan, sareng kanker perbari, sareng kanker perbari, sareng kanker perbari, sareng kanker perbari, sareng kanker perbari, sareng kanker perbari, sareng kanker perbari, sareng kanker perbelung, sareng kanker payur, sareng kanker muswan, sareng kanker perbelung, sareng kanker payur, sareng kanker perbari, sareng kanker per Ange. ICR parantos aya hubunganana sareng réspon imunoterapi di sagala rupa jinis kanker, kalebet kanker payudara.

Mimiti, panalungtik ngalanggar Tanda ICRA tina cohor ac akhal, nganggo pendekatan koordikasi Geni ACR galihan kana tilu klaster / ICH). Panelitions Kaluyisan nyaéta kanunaan baksas pakait sareng subtpy molekular (cmS), klasifikasi transkripoménaan jumlah kanker. Kategori CMS kaasup cms1 / Badries, SMS2 / Pijiri, CMS3 / métabolik sareng CMS4 / Mesenchypal. Analisis nunjukkeun skor ICR an n nonomatif kalayan jalur sél kanker dina sadaya subttypes jam, sareng korélasi anu aya hubunganana sareng kandang Suruntososup sareng stroms.

Dina sadaya jam, langkung seueur pemboear alami (NK) sareng t sél anu paling luhur dina subtés pikasieuneun anu langkung ageung (incére 1C) .Enalkeun pft.

Gambar 1. Desain diajar ICM
Icr ngarebut Towes-Ditor-dikutuk, Clonaly Det
Ngan ukur minoritas t pucuknafating jaringan tumny parantos dilaporkeun khusus pikeun antigens Tumor (kirang ti 10%). Ku alatan éta, seuseueurna sél intra-Sarna anu disebut salaku sél anu teu aya anu kuat sareng sél anu teu). Korelasi kuat sareng jumlah sél konvensional sareng produktif tcrs dianggap dina sél stromal sareng subpopulasi lelokye (ditetepkeun ku RNA-Sepope (Gradat 2A). Dina klaster ICR (Klasifikasi lengkep sareng Cona sareng CMS), klonital pangluhurna scune scr na dititén dina ICRYPE (Galur), sareng propars 2C paling luhur. Nganggo sadayana transkripom (18,270 gen), genep pertandingan ICR (IFNG, St11, IRF1, CCF1, CLLMAYD, sareng CXCL10). Cutonnity snamaantq tvelity dikecas langkung kuat sareng genen anu paling ICR tibatan korélasi anu ditituksi nganggo Tumor-Tordive CD8 + Markers (Gambar sareng 2G). Dina kacindekan, analisa di luhur nunjukkeun yén tanda terangan ngarebut ku sél goros-torriched, cuton sareng tiasa ngajelaskeun panguasaan progostik na.

Gambar 2. Metrication sareng korélasi anu aya hubunganana sareng imun sareng imun
Komposisi mikrobiome dina jaringan kanker séhat sareng kolon
Paneliti ngalaksanakeun 16s RRNAs CHRNA nganggo DNA anu ditimbus tina tumor anu cocog sareng jaringan kolon séhat ti 24 pasien). Pikeun validasi, peniriti sah aya diala diatalkeun 16an RRNA Gen Rree tina tambahan 42 Sara bakar anu henteu cocog pikeun analisis normal. Mimiti, panaliti ngabandingkeun péstana basa relora antara tumor anu cocog sareng jaringan kol anu séhat. Diangkat di kasedang sacara signifikan ningkat dina tumor anu dibandingkeun sareng conto anu séhat (Gambar 3a-3D). Henteu aya bédana anu béda dina kalahu alfa (perkasan sareng seueur spésiés dina conto tunggal sareng sisik anu séhat anu katalungtik dina tumeringan microkal.
Pikeun ngadeteksi asosiasi klinis antara profil mikrét sareng hasil klinis nganggo klinis Di ICAP-ICAM246, pangarang pelajalan Reungit OS COX anu milih fitur 41 Cocog sareng koefisien non-enol (pakait nganggo résiko mortingan anu béda), pakait MBRity (Tokoh Mob).
Dina usaha Cohort ieu (ICAM2246), skor MBR anu rendah (MBR <0, rendah mBr) anu langkung saé). Panaliti dikonfirmasi izosiasi antara MBR Luhur (résiko) sareng otot anu berkepanjangan dina dua kodors anu diserahkeun sacara mandiri (ikam42 sareng TCGA-COAD). (Gambar 3) Panalitian nunjukkeun korélasi anu kuat antara skor Cocaogastric sareng skor MBB, anu sami dina tumor sareng jaringan know.

Gambar 3. Microbiome di tumor sareng jaringan séhat sareng hubungan sareng kasalametan ICR.
Kacindekan
Pendekatan Otomatis-omik anu digunakeun dina Ulikan ieu ngamungkinkeun deteksi anu lengkep sareng nganalisa tanda tangan molekular tina kanker imun dina kanker Kecualian sareng nyebarkeun interaksi antroba sareng sistem imun. Daging koloming jarum jero sareng jaringan anu séhat diungkap yén pangaruh prognostic ICR tiasa disababkeun ku kamampuan muara spigen-spigen-spigen-spigen-spigen-spigen-spigen-spigen-spigen-spigen-spiguced tage obsor.

Ku nganalisis komposisi mikrobaome nganggo 16an RRNA GATE dina conto AC-Ic Sanaos tanda tangan ieu teu aya tina saham naror, aya korélasi anu kuat antara skectrékum stror anu séhat sareng sumoros yén skor ieu tiasa nganteurkeun komposisi ieu. Ku ngagabungkeun skor ICR sareng MBR, sarsesive pikeun ngidentipikasi sareng ngajelaskeun biomarker Siswa-Omic anu diramalkeun salamet di pasien musapi. Data multi-omat-Qu-Sadhino nyayogikeun sumber désol pikeun langkung terang ngartos biologi kanker kolon sareng ngabantosan pendekatan terapi.

Rujukan:
Roelands, J., Kuppen, PJK, Ahmed, ai et al. Tumor terpadu, imun sareng atrobiom atlas kanker kusut. NIET Med 29, 1273-1286 (2023).